Curriculum Vitae

 


Nom : Philippe HUETZ

Né le : 14 avril 1963 à Mulhouse (France)

 

Coordonnées actuelles (cliquer sur l'image):



 

Plan : Intérêts de recherche / Etudes universitaires / Postdocs / Besançon (Université, ABC&T) / Publications / Communications / Divers / Ecoles, Masterclasses, Conférences / Général

 

Récemment

Mai 2013 - : Président de ABC&T : Association de Biophysique Computationnelle et Théorique, dont le but est le suivant : constituer une structure de recherche fondamentale indépendante permettant la mise en oeuvre d'investigations théoriques et computationnelles de systèmes biologiques par des approches biophysiques ou de chimie quantique.
- Synthèse des actions entreprises et travaux effectués : voir les documents pdfs dans la rubrique "Comptes-rendus des Assemblées Générales" -
- Projets actuels (cliquer) -



Intérêts de recherche


- carcinogenèse, maladies neurodégénératives

- dynamique des canaux ioniques

- repliement des protéines

- mécanismes réactionnels

- incidence des charges partielles dans les processus d'auto-organisation des macromolécules biologiques

- ...


 

Parcours universitaire et recherche

 

A Strasbourg (France, Université Louis Pasteur) :

- Diplôme d'Etudes Universitaires Générales (DEUG) B, Option Biophysicochimie (1987).

- Licence de Biochimie (1989).

- Maîtrise de Biochimie (1990).

"Unités de valeur" : biochimie, chimie organique, immunologie.

- Diplôme d'Etudes Approfondies (DEA) de Chimie-Physique (1991).

La partie expérimentale fut réalisée à la fois au laboratoire d'Ultrasons et Dynamique des Fluides Complexes (Prof. R. Cerf, Institut Le Bel) et au laboratoire d'Enzymologie (Prof. J. Bieth, Institut de Pharmacologie, Illkirch Graffenstaden).
 
Dans ce travail, j'ai acquis une expérience dans l'expression et la purification d'une enzyme mutante (trypsine D102N) et j'ai étudié les propriétés d'absorption ultrasonore de deux enzymes : l'α-chymotrypsine et l'α-lytic protéase.

- Doctorat d'Université de Biophysique (1994).

Directeurs de thèse : J.-C. Voegel (Centre de Recherches Odontologiques, Faculté de Chirurgie Dentaire) et Prof. P. Schaaf (Institut Charles Sadron, Centre de Recherches sur les Macromolécules).
Titre : "Etude de la réactivité d'anticorps vis-à-vis de leurs antigènes adsorbés à une interface solide/solution - Aspects dynamiques de processus interfaciaux".
- Résumé (cliquer) -

- Thèse complète format pdf (3.4 Mo) (cliquer) -

 

Ma thèse a été financée par une bourse du "Ministère de la Recherche et de la Technologie" (décembre 1991 - novembre 1993), tandis que de décembre 1993 à novembre 1994, j'ai obtenu un poste d'Assistant Associé des Universités à la Faculté de Chirurgie Dentaire de Strasbourg. Durant cette dernière période j'ai donné, dans le cadre d'un "CES Biomatériaux", un cours de physique intitulé : "Propriétés de transport en solution, thermodynamique et cinétique de l'adsorption, techniques d'étude des interfaces".

Au début de ma thèse, j'ai mené un certain nombre d'expériences visant à étudier l'interaction, dans des conditions dynamiques, de billes de latex recouvertes d'anticorps avec des surfaces couvertes d'antigènes, comme système modèle d'étude de l'adsorption de cellules sanguines sur la paroi d'un vaisseau sanguin ou de biomatériaux. Cette période a inclus un stage à l'Ecole Normale Supérieure de Lyon, au laboratoire mixte CNRS/Biomérieux, dans le groupe du Prof. Ch. Pichot.

- Quelques détails à ce sujet (cliquer) -

 

A Groningue (Pays-Bas) [39 mois] :

 

- Position postdoctorale dans le groupe "Molecular Dynamics and Computational Biophysics"
(Professor Dr. Herman Berendsen et Dr. Ir. J.G.E.M. (Hans) Fraaije), Biophysical Chemistry Dept, Université de Groningue (Pays-Bas), du 1er février 1995 au 30 avril 1996.
Le projet a été financé par une bourse institutionnelle Capital Humain et Mobilité (CHM) de la CE, et était intitulé : "Biomimicking of multicomponent lipidic supra-aggregates". Ce projet a impliqué mon intégration dans trois laboratoires : Dynamique Moléculaire, Microscopie Electronique (Prof. Alain Brisson) et Chimie Organique et Inorganique (Prof. Dr. J.B.F.N. Engberts).

- Buts, travaux, références (cliquer) -

 

- Position postdoctorale dans le groupe "Nuclear Magnetic Resonance"
 (Groningen Biomolecular sciences and Biotechnology institute (GBB), BIOSON, Université de Groningue, Pays-Bas) du Dr. Ruud Scheek, du 1er septembre 1996 au 31 août 1998, sur le sujet "Folding of Proteins", dans le cadre d'un réseau de la CE Training and Mobility of Researchers (TMR). Ce projet a impliqué mon engagement dans deux laboratoires : RMN et Biochimie (Prof. George Robillard).

- Travaux, références (cliquer) -



A Besançon (France, Université de Franche-Comté) :

- Décembre 2002 - 2005 : Chercheur Associé au Laboratoire de Physique Moléculaire (cf aujourd'hui l'UTINAM) de la Faculté des Sciences et Techniques de Besançon (Université de Franche-Comté), dans le groupe de biophysique des Professeurs Claude Girardet et Christophe Ramseyer. Travaux financés par la Ligue Régionale du Doubs Contre le Cancer (comités Besançon et Montbéliard). Collaboration avec plusieurs laboratoires, dont le Laboratoire d'Histologie (Faculté de Pharmacie Médecine, Besançon), le Laboratoire de Génétique et Biologie Cellulaire (Université de Versailles/St Quentin) et l'Institut National de Chimie (Prof. Janez Mavri, Ljubljana, Slovénie).

- Voir synthèse (format pdf) -

- Juillet 2005 - Juin 2006 : Chercheur de la Ligue Régionale du Doubs Contre le Cancer, comité Montbéliard.

- Décembre 2006 - avril 2013 : Directeur Scientifique de ABC&T.

- 2009 - 2015 : Chercheur hébergé (collaboration occasionnelle avec le Dr. Stéphane Chrétien) au Laboratoire de Mathématiques (UMR CNRS 6623) de l'Université de Franche-Comté, Besançon.


 

 

PUBLICATIONS

- Ball, V., Huetz, Ph., Elaissari, A., Cazenave, J.-P., Voegel, J.-C. & Schaaf, P., Kinetics of exchange processes in the adsorption of proteins on solid surfaces, I - Homomolecular exchange, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91 (1994) 7330-7334.

- Huetz, Ph., Schaaf, P., Voegel, J.-C., Mann, E.K., Miras, B., Ball, V., Freund, M. and Cazenave, J.-P., Reactivity of antibodies on antigens adsorbed on solid surfaces, in Proteins at interfaces II - Fundamentals and Applications, T.A. Horbett and J.L. Brash Editors, ACS Symposium Series 602, Washington, DC, 1995, pp. 334-349 (cf Thèse, pp 70-85 chap. IV).

- Huetz, Ph., Ball, V., Voegel, J.-C., Schaaf, P., Exchange kinetics for a heterogeneous protein system on a solid surface, Langmuir 11 (1995) 3145-3152.

- B.A.C. van Vlimmeren, M. Postma, P. Huetz, A. Brisson, and J.G.E.M. Fraaije, Functional Langevin models for the mesoscopic dynamics of surfactant aggregation in solution, Phys. Rev. E. 54(5) (1996) 5836-5839.

- Philippe Huetz, Stephanie van Neuren, Philippe Ringler, Felix Kremer, Jan F.L. van Breemen, Anno Wagenaar, Jan B.F.N. Engberts, Johannes G.E.M. Fraaije, Alain Brisson, Relationship between molecular structure and supramolecular morphology of DODA-EO2-biotin and related lipids, Chem. Phys. Lipids 89 (1997) 15-30.

- Philippe Huetz, Christophe Ramseyer, Claude Girardet, Ab initio study of the influence of conformation on partial charge distribution of dioctadecylamine, Chem. Phys. Lett. 380 (2003) 424-434.

- Ph. Huetz, E.E. Kamarulzaman, H.A. Wahab and J. Mavri, Chemical reactivity as a tool to study carcinogenicity: reaction between estradiol and estrone 3,4-quinones ultimate carcinogens and guanine, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44 (2004) 310-314.

- Mylène Compoint, Christophe Ramseyer and Philippe Huetz, Ab initio investigation of the atomic charges in the KcsA channel selectivity filter, Chem. Phys. Lett. 397 (2004) 510-515.

- Céline Boiteux, Mylène Compoint, Philippe Huetz, Christophe Ramseyer and Claude Girardet, Analysis of the sequence KWKWK...K in the KcsA protein channel using Molecular Dynamics simulations, Internet Electron. J. Mol. Des. 4 (2005) 235-248 (pdf online).

- Philippe Huetz, Nasim Mavaddat and Janez Mavri, Reaction between ellagic acid and an ultimate carcinogen, J. Chem. Inf. Model. 45 (6) (2005) 1564-1570.

- M. Compoint, C. Boiteux, P. Huetz, C. Ramseyer, and C. Girardet, Role of water molecules in the KcsA protein channel by Molecular Dynamics calculations, Phys. Chem. Chem. Phys. 7(24) (2005) 4138 - 4145.

- Philippe Huetz and Valérie Poux, Carcinogenicity of Benzo[a]pyrene Diol Epoxide Stereoisomers: a Linear Free Energy Relationship study, J. Mol. Struct. THEOCHEM 764 (2006) 167-176.

- Philippe Huetz, Céline Boiteux, Mylène Compoint, Christophe Ramseyer, Claude Girardet, Incidence of partial charges on ion selectivity in potassium channels, J. Chem. Phys. 124 (2006) 044703.

- Stéphane Chrétien, Christophe Guyeux, Bastien Conesa, Régis Delage-Mouroux, Michèle Jouvenot, Philippe Huetz and Françoise Descôtes, A Bregman-proximal point algorithm for robust non-negative matrix factorization with possible missing values and outliers - application to gene expression analysis, BMC Bioinformatics 17(Suppl 8) (2016) 284. [pdf]

 

Actes de Congrès :

- B.A.C. van Vlimmeren, M. Postma, P. Huetz and J.G.E.M. Fraaije, Computer simulation of meso-scale phenomena: pattern formation in biomimicking complex fluids, Progress in Biophysics and Molecular Biology 65 (Suppl. 1) (1996) 140 (pdf).

- A. Brisson, P. Huetz, P. Ringler, S. van Neuren, F. Kremer, H. Fraaije and J. Engberts, Functionalized lipid tubules: a tool for helical crystallization of proteins, Progress in Biophysics and Molecular Biology 65 (Suppl. 1) (1996) 140 (pdf).

- Stéphane Chrétien, Christophe Guyeux, Bastien Conesa, Régis Delage-Mouroux, Michèle Jouvenot, Philippe Huetz and Françoise Descôtes. Estimating features with missing values and outliers: a Bregman-proximal point algorithm for robust Non-negative Matrix Factorization with application to gene expression analysis, Springer International Publishing Switzerland 2015, R. Harrison et al. (Eds.): 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA), Norfolk, Virginia, June 7-10, 2015, LNBI 9096, pp. 415-416 (book).

 




COMMUNICATIONS (posters [P], présentations orales [PO]) :

- Forum "Jeunes chercheurs en odontologie" (Strasbourg, France, Octobre 1992) : " Etude dynamique de l'adsorption et de la réactivité antigène/anticorps de protéines plasmatiques sur les parois d'une surface de silice " [P].
- 10èmes "Journées du Collège Français de Biomatériaux Dentaires" (Strasbourg, France, Juin 1993) [P].
- 207ème Congrès International de l'American Chemical Society (ACS) : "Proteins at interfaces" (San Diego, USA, mars 1994) : " Reactivity of antibodies on antigens adsorbed on solid surfaces " [PO].
- Meeting "Fluids at interfaces" (Lunteren, Pays-Bas, Février 1995) [P].
- Conférence BIOSON (Groningue, Pays-Bas, 28 février 1995) : " Reactivity of  antibodies against antigens adsorbed at a solid/liquid interface. Dynamics of a protein heterogeneous ‘exchange' process " [PO].
- Meeting SCHLOESSMANN (Institut Max Planck, Mainz, Allemagne, Juin 1995) : "Biology and materials science" [P].
- 5ème rencontre annuelle BIOMOS, 6-8 Septembre 1995, Burg Arras, Alf-Mosel, Allemagne.  But : nourrir les contacts entre les groupes de simulation informatique de Groningue et Zurich. [PO] intitulée : " Contribution towards a rational analysis of lipidic supramolecular assemblies formation: a work example ".
- LB7 : 7ème Conférence Internationale sur les Films Moléculaires Organisés (Numana, Italie, 10-15 septembre 1995) : " Towards a rational analysis of lipidic supramolecular assemblies formation and protein 2-D crystallization " [P].
- Symposium GBB (Biological Center, Haren, Pays-Bas, 29 septembre 1995) [P].
- Conférence BIOSON (Groningue, Pays-Bas, 4 avril 1996) : " First steps in understanding the formation of supramolecular assemblies of structure-related artificial lipids: a combined effort of MD, EM and OMAC's groups " [PO].
- Symposium GBB (Biological Center, Haren, Pays-Bas, 19 septembre 1996). [PO] : " Self-assembled tubular lipid assemblies: suspected mechanisms ".
- Symposium GBB (Biological Center, Haren, Pays-Bas, 1er octobre 1997) [P].
- EU Training & Mobility of Researchers Network : "Structure et dynamique des états intermédiaires du repliement des protéines", 1er meeting annuel (en conjonction avec le réseau EU TMR : "Complexes biomoléculaires médiant la biogenèse et la translocation membranaire"), EMBL, Heidelberg, Allemagne, 31 octobre – 1er novembre 1997, " C10S mutant of enzyme IIB Cellobiose (IIBCell) of the phosphoenolpyruvate dependant phosphotransferase system (PTS) of E. Coli: unfolding/refolding as a function of denaturant concentration and temperature, preliminary results from a circular dichroism (CD) study " [PO].
- Présentations de l'IFRAM devant le "Rotary Club Mulhouse Europe" (Mulhouse, France, 6 septembre 1999) et devant le Conseil Général du Haut-Rhin (Colmar, France, 9 mai 2000) [PO] : exposé des projets scientifiques de l'équipe, dans le but d'obtenir des financements.
- Séminaire invité chez "Novartis Institutes for BioMedical Research" dans le "Profiling Group" (Bâle, Suisse, 10 décembre 2004) [PO], intitulé : " Theoretical approaches for ionic channels modeling - Some results on KcsA potassium channel ".
- 10th European Symposium on Organic Reactivity (ESOR10), Rome, Italie, 25-30 juillet 2005 : " Chemical reactivity as a tool to study carcinogenicity: computational studies " [P].
- Séminaire invité chez Prof. Ursula Röthlisberger, Laboratory of Computational Chemistry and Biochemistry, EPFL (Lausanne, Suisse, 20 octobre 2005) [PO], intitulé : " The potassium channel KcsA: MD and ab initio studies - new insights with partial charge calculations - Chemical reactivity as a tool to study carcinogenicity ".
- 5ème Atelier de Travail sur les Théories et Simulations Moléculaires, Gaeta, Italie, 12-14 Mai 2006 : "Molecular Dynamics and ab initio calculations on the potassium channel KcsA: importance of partial charges, ions and water behaviour " [PO].
- Conférence, UFR des Sciences Médicales et Pharmaceutiques, Besançon, France, 8 janvier 2009 : "Projets abordés au sein de l'Association de Biophysique Computationnelle et Théorique : tour d'horizon" [PO].

 






DIVERS

Stage de Recherche

En juillet/août 1988, dans le "Laboratoire de Neurobiologie Moléculaire des Interactions Cellulaires" du Docteur Marcel MERSEL (Centre de Neurochimie, UPR 416 - CNRS, Strasbourg) : synthèse d'un dérivé du 7-ß-hydroxycholesterol.


Freelance

Août - Septembre 2000 : Rédacteur scientifique freelance pour les Editions scientifiques et médicales Elsevier à Paris.

 

Association IFRAM

Septembre 1999 - Janvier 2002 : Président et chercheur de l'IFRAM : Independent Fundamental Research Association Multidisciplinary, que j'ai créée et dont les objectifs étaient : de constituer un groupe de scientifiques menant une recherche fondamentale indépendante ; inciter à un échange pluridisciplinaire des connaissances entre les chercheurs ; favoriser le partage des connaissances dans une optique d'aide sociale et de progrès humanitaire.

 

 

ECOLES / MASTERCLASSES / CONFERENCES


J'ai suivi les écoles suivantes : 

 

J'ai participé aux "GBB masterclasses" suivantes (Université de Groningue, Pays-Bas) :

 

J'ai assisté aux conférences suivantes :

- IIème Colloque "Electron Microscopy of Biological Macromolecules", Groningue, 27 mars 1995.
- IIIème Conférence Internationale de "NATURE" en Europe, Paris, 27-28 avril 1995 : "The science of complex molecular systems".
- Meeting NVBMB (Société Néerlandaise pour la Biochimie et la Biologie Moléculaire), Groningue, 12 mai 1995 : "Membrane proteins: from sequence to structure".
- Meeting du projet HFSPO (Human Frontier), Groningue, 22-23 mai 1995 : "Protein structure determination by electron crystallography of two-dimensional crystals".
- SON-werkgemeenschap voor Eiwitonderzoek (groupe de travail pour la recherche sur les protéines), meeting à Lunteren, 7-8 décembre 1995.
- Symposium : "The dynamics of biostructural research" (10 années de BIOSON), 7 juin 1996.
- Symposium RMN (Organon NV, Oss), 25 octobre 1996.
- SON-werkgemeenschap voor Eiwitonderzoek, meeting à Lunteren, 9-10 décembre 1996.
- Nombreuses conférences GBB / BIOSON / BioMaDe (Bio-Organic Materials and Devices) sur divers sujets.




GENERAL


Langues

- Anglais : lu, parlé, écrit ("TOEFL", Test of English as a Foreign Langage, obtenu en 1991).
 - Un peu d'Allemand, un peu de Néerlandais.


Situation Militaire

Service National effectué en 1983/84 dans la Musique du "153ème RI" de Mutzig (clarinette).


Autres Activités

- Etudes de violon au Conservatoire National de Musique de Mulhouse (1970-1978).
- Harmonie Municipale de Mulhouse (clarinette, 1975-1983).
- Membre de l'équipe rédactionnelle du journal "Sciences in vivo" de l'Amicale des Sciences de l'Université Louis Pasteur, Strasbourg (1987).
- Orchestre Universitaire de Strasbourg (violon, 1985–1990).
- Orchestre Universitaire "MIRA" de Groningue, Pays-Bas (violon, 1995-1998).
- Orchestre Philharmonique "De Harmonie" de Groningue, Pays-Bas (violon, 1995-1998).
- Cours avancés de violon (Groningue, 1997-1998).
- Membre du club de défense des internautes câblés d'"Est VideoCommunication Haut-Rhin" (1999-2000).
- Association de musique polonaise traditionnelle "Polonia" de Mulhouse (violon, 2000-2001).
- Participation active au mouvement "Sauvons la Recherche" (2004-2005).
- Enseignement (maître auxiliaire) au Collège privé Notre-Dame à Besançon (octobre 2014).
- Orchestre Philharmonique de Besançon "André Stapffer" (depuis 2010, violon, secrétaire adjoint, vice-président, communication).


Voyages

Italie, Angleterre, Allemagne, Hongrie, Pays-Bas, Suède, Belgique, Etats-Unis, Suisse.


Loisirs

J'aime écrire des poèmes, lire, jouer aux échecs, mon violon, les balades en nature, la macrophotographie...